Banja Vrujci se nalazi na teritoriji opštine Mionica, koja je u sastavu Kolubarskog okruga. Banja Vrujci se nalazi u severozapadnom delu centralne Srbije na severnom podnožju planine Suvobor (864 m), u dolini reke Toplice, čiji naziv ukazuje na toplu vodu (desne pritoke reke Kolubare.
Termalni centar sa izvorom, hotelom, bazenima, sportskim terenima, centrom za fizikalnu medicinu i rehabilitaciju, smešten je u maloj topličkoj kotlini. Ostali delovi naselja izgrađeni su po obodu kotline i na terasama reka i potoka, na višem zemljištu, na rečnim terasama do 252 m nadmorske visine.
Kotlinu uokviruju ogranci planine Suvobora, Berkovačka brda na istoku (Krstovo brdo – 283 m) i popadički bregovi na zapadu.
Banju Vrujci karakteriše umerenokontinentalna klima sa umereno toplim i suvim letom i umereno hladnim zimama. Prosečna godišnja temperatura iznosi 11,2°C. Maksimum temperature vazduha iznosi 42,5°C i registrovan je u julu mesecu, dok se apsolutni minimum temperature javlja u januaru i iznosi – 29,6°C..
Termalne vode u Banji Vrujci imaju temperature od 26°C do 28°C i sadrže kalijum, magnezijum i selen. Ph vrednost vode u vrujačkim vrelima se kreće od 7,1 do 7,4. Voda iz dubine iznosi najfiniji mulj, bogat mineralima i radioaktivnim materijama i polažu ga u blizini izvora i duž reke Toplice koja protiče kroz banju. Najveće količine nataloženog radioaktivnog blata je na mestima gde topla voda izbija na površinu, usled naglog pada temperature.
Lekovito blato sadrži i po nekoliko hiljada puta veće koncentracije elemenata i jedinjenja nego što ih sadrži lekovita voda. Lekovito radioaktivno blato pomaže u lečenju raznih reumatskih oboljenja, išijasa, proširenih vena, kožnih bolesti i dr. Koža se podmlađuje, a rane zarastaju.