Naziv mesta verovatno potiče od imena veleposedničke porodice „Bečei“, koja je ovde imala posede. Moguće je da ime ovog mesta potiče i od naziva „Beč“, što znači „zemljoposed“, ili da znači „utvrđenje na vodi“. Ime Novi Bečej, nosi zbog toga što je stanovništvo Bečeja pred turskom najezdom izbeglo u Bačku, gde je na zapadnoj obali Tise osnovalo naselje istog imena.

Po oslobođenju Banata, nešto potomaka izbeglica iz Banata se vratilo i sa kolonistima obnovilo Bečej, davši mu naziv Novi Bečej, za razliku od starog, u Bačkoj. Prvi sigurni pomen Novog Bečeja je iz 1332—1337. godine. Mađarska istoriografija smatra da je bio u posedu porodice Bečei, koja potiče još iz doba Arpadovića.