Manastirska crkva Svetog Ilije je u istorijskoj vezi sa tvrđavom Greben jer se pretpostavlja da je upravo sagrađena za potrebe plemstva i vojske Greben grada. Pretpostavlja se da je manastir Krupa (crkva Svetog Ilija) prvi put sagrađen u 13. veku kao franjevački samostan. Dužinom od oko 24 metra i širinom od 12 metara crkva u Krupi na Vrbasu uvrštava se u najmasivnija sakralna zdanja u srednjevekovnoj bosanskoj državi.

Arheološka iskopavanja ustanovila su tragove starijeg svetišta što pruža dokaze da se na ovom lokalitetu nalazila bazilika, u vremenu pojave hrićanstva na ovim prostorima (VI-VII vijek), dok je manastir sagrađen na nekropoli srednjevekovnih nadgrobnih spomenika – stećaka od kojih je par sačuvan sve do danas. Nakon što je manastir opustošen i napušten za vreme Otomana (1528-1878), manastirska crkva je doživela preporod 1889. godine kada ju je obnovio mitropolit dabrobosanski Sava Kosanović i kada joj je dozidan zvonik. Ponovo je uništena u Drugom svetskom ratu od strane nacista. Ipak, šezdesetih godina prošlog veka meštani su počeli da obnavljaju manastir, da bi manastarski kompleks svoju potpunu obnovu doživeo 2000-tih godina. Od 2006. godine, u manastiru se čuvaju čestice moštiju Svete majke Matrone Moskovske od kada ga sve više posećuju vernici i turisti.